세금 폭등 주의! 특수관계자 부당행위계산부인 방어

세금 폭등 주의! 특수관계자 부당행위계산부인 방어

핵심 요약

기업이나 개인이 조세 부담을 부당하게 감소시키기 위해 정상적인 경제인의 합리적인 거래 형식에서 벗어난 조건으로 거래를 진행하는 경우, 과세관청은 이를 ‘부당행위계산의 부인’으로 규정하고 거래 금액을 재산정하여 세금을 추징합니다. 이는 특수관계자 간의 거래에서 가장 빈번하게 발생하는 세무 쟁점입니다.

법인세법 제52조소득세법 제41조에 따르면, 특수관계인과의 거래로 인해 해당 법인 또는 거주자의 조세 부담이 부당하게 감소된 것으로 인정되는 경우, 과세관청은 해당 거래가액을 부인하고 객관적인 ‘시가(市價)’를 기준으로 소득 금액을 재계산합니다.

부당행위계산이 부인되면, 당초 거래가액과 시가와의 차액만큼 과세표준이 증가하여 법인세 및 소득세 본세가 상승합니다. 또한, 해당 차액은 귀속자에게 상여나 배당 등으로 소득처분되어 추가적인 소득세를 발생시키고 가산세를 동반하므로, 특수관계자와의 거래는 반드시 객관적 시가에 기반하여 이루어져야 합니다.

제도 구조 이해

회의실 테이블 위에 특수관계자 거래 계약서 및 세무 검증 서류가 정돈된 모습
그림 1. 특수관계자 간 거래의 적정성 평가 및 부당행위계산부인 적용 구조

부당행위계산부인 규정이 적용되기 위해서는 ‘특수관계인’ 요건과 ‘부당성’ 요건이 동시에 충족되어야 합니다.

특수관계인의 범위

세법상 특수관계인이란 해당 법인 또는 개인과 경제적, 혈연적, 경영적으로 밀접한 관계에 있는 자를 의미합니다. 대표이사 및 임원, 주주(출자자), 이들의 친족(배우자, 6촌 이내 혈족 등), 그리고 해당 법인이 사실상 지배하고 있는 다른 계열사 등이 모두 특수관계인에 해당합니다.

시가(Market Price)와 부당성 요건

조세 부담의 부당한 감소 여부는 ‘시가’를 기준으로 판단합니다. 시가란 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액입니다. 특수관계인 간의 거래가액과 시가의 차이가 3억 원 이상이거나, 시가의 5% 이상인 경우에 부당행위계산부인 규정이 적용됩니다.

시가의 산정 기준

거래 자산의 명확한 시가가 없는 경우, 세법은 합리적인 평가 방법을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있습니다. 일반적으로 ① 공신력 있는 감정평가법인의 감정가액, ② 상속세 및 증여세법에 따른 보충적 평가액(기준시가 등)을 시가로 준용하여 거래가액의 적정성을 검증합니다.

세무조사 주요 적발 사례 및 리스크

과세관청은 법인의 재산이나 자금이 부당하게 유출되는 거래 패턴을 빅데이터 시스템으로 상시 점검합니다.

실무상 빈번한 부당행위계산부인 적발 사례

  1. 법인 자금의 무상 대여 (가지급금): 법인이 대표이사나 대주주에게 자금을 대여하면서 이자를 수취하지 않거나 적정 이자율보다 낮게 수취하는 경우입니다. 세법은 당좌대출이자율(현재 연 4.6%) 또는 가중평균차입이자율을 시가로 보아, 받지 않은 이자 상당액만큼 법인의 익금으로 산입하고 대표자의 상여로 처분합니다.
  2. 고저가 양수도 (부동산/차량 거래): 법인 소유의 부동산이나 고가 업무용 승용차를 대표자의 가족이나 계열사에 시가보다 현저히 낮은 가격으로 매각하는 경우, 시가와의 차액이 법인세 과세표준에 가산됩니다. 반대로 특수관계인의 자산을 법인이 고가에 매입하는 경우에도 동일한 제재가 적용됩니다.
  3. 과다한 인건비 및 퇴직금 지급: 실제 근로를 제공하지 않는 대표이사의 가족을 임직원으로 등재하여 급여를 지급하거나, 정관에 명시된 규정을 초과하여 특수관계 임원에게 과도한 퇴직금 및 상여금을 지급하는 경우, 해당 초과분은 손금불산입되어 비용으로 인정받지 못합니다.

실전 대응 및 방어 전략

세무사 상담실에서 감정평가서 및 법정 이자율을 바탕으로 거래가액의 시가를 계산하는 모습
그림 2. 리스크 사전 제어: 특수관계자와의 재산 거래 시에는 반드시 거래 이전에 복수의 감정평가 등을 통해 객관적 시가를 확정해야 합니다.

특수관계자 간 거래를 합법적으로 진행하고 세무조사 시 소명 능력을 갖추기 위한 내부 통제 전략입니다.

부당행위계산 방어 3대 원칙

  1. 거래 전 시가의 객관적 입증 자료 확보: 법인 소유의 부동산이나 비상장주식을 특수관계인과 거래할 경우, 세무대리인의 자문을 거쳐 반드시 2개 이상의 감정평가기관으로부터 감정을 받아 그 평균액을 거래가액으로 설정하십시오. 차량 등의 경우 엔카(Enka) 등 공신력 있는 매매 시장의 평균 시세표를 출력하여 계약서와 함께 편철해야 합니다.
  2. 가지급금의 적법한 이자 수취: 불가피하게 대표이사에게 자금을 대여해야 한다면, 연 4.6%의 당좌대출이자율을 적용한 금전소비대차 계약서를 명확히 작성하고 매월 말 법인 계좌로 해당 이자를 실제 납입해야 합니다. 장부상 미수이자로만 계상하는 것은 이자 발생일에 이자를 지급받은 것으로 보아 원천세 추징의 대상이 될 수 있습니다.
  3. 근로 제공 사실의 객관적 증명: 특수관계인 가족이 법인에서 근로를 제공하고 급여를 수령하는 경우, 해당 인력이 회사의 수익 창출에 실질적으로 기여했음을 증명하는 업무 지시서, 결재 내역, 회의 참석 기록 등을 상시 보관하여 가공 인건비 혐의를 방어해야 합니다.
[표 1] 주요 특수관계자 거래별 시가 적용 기준 및 제재 요약
거래 유형 세무상 인정 시가 기준 부당행위 적발 시 소득처분
금전 대여 (가지급금)가중평균차입이자율 또는 연 4.6%법인 익금 산입 및 대표자 상여
부동산/주식 매매감정평가액 또는 상증법상 보충적 평가액시가와 거래가액 차액 익금 산입
자산의 무상 임대해당 자산 시가의 적정 임대료(적수 계산)적정 임대료 상당액 익금 산입

부당행위계산부인 규정은 납세자의 조세 회피 ‘의도’와 무관하게, 거래의 ‘결과’가 시가 요건을 벗어났다면 기계적으로 적용되는 강력한 규제입니다. 기업의 재무 담당자는 거래 상대방이 특수관계인에 해당하는지 사전에 확인하고, 제3자와의 거래와 동일한 객관적 기준(Arm’s length principle)을 엄격하게 적용하여 세무조사 리스크를 차단해야 합니다.

자주 묻는 질문

대표이사가 본인 소유의 건물을 회사에 임대할 때 무상으로 빌려줘도 되나요?

세법상 특수관계인에게 자산을 무상으로 임대하는 경우, 적정 임대료를 받지 않은 만큼 대표이사 개인의 소득이 줄어든 것으로 보아 소득세법상 부당행위계산부인이 적용될 수 있습니다. 단, 임대인이 본인이 지배하는 법인에게 무상으로 임대하는 경우에는 법인의 법인세가 증가하여 전체 조세가 부당하게 감소하지 않는 경우가 많아 사안별 세밀한 검토가 필요합니다.

특수관계인이 아닌 외부 거래처와 시가보다 싸게 거래해도 부당행위계산부인이 적용됩니까?

부당행위계산부인 규정은 원칙적으로 ‘특수관계인’ 간의 거래에만 적용됩니다. 따라서 일반 외부 거래처와 정당한 사업 목적에 따라 저가 양도 등을 진행한 경우에는 동 규정이 적용되지 않습니다. 다만, 정상가액을 현저히 벗어나 경제적 합리성이 없는 경우에는 비지정 기부금이나 부당 이득으로 보아 별도의 세무적 불이익이 발생할 수 있습니다.

부당행위계산부인 규정에 의한 익금 산입분도 과소신고가산세 대상인가요?

네, 대상이 됩니다. 법인이 특수관계자와의 거래를 통해 고의적으로 과세표준을 낮춰 신고한 것이므로, 시가와의 차액에 대한 본세 추징은 물론 과소신고가산세(일반 10% 또는 부당 40%) 및 납부지연가산세가 추가로 부과됩니다.

본 아티클은 일반적인 금융 교육 목적으로만 제공되며, 법률·세무·재정 상담을 대체하지 않습니다. 중요한 결정 전 반드시 전문 재무설계사 또는 세무사와 상담하시기 바랍니다. 베스트머니팁은 금융상품 판매 또는 투자 권유를 하지 않습니다. © 2026 베스트머니팁.